Coupez les aubergines en deux dans la longueur, puis quadrillez la chair en profondeur avec un couteau pointu, sans entamer la peau. Rangez-les sur une plaque, arrosez-les chacune de 1 c. à soupe d'huile d'olive, enfournez et faites cuire 30 min.
Coupez la viande en très petits dés. Plongez les tomates 20 secondes dans l'eau bouillante, pelez-les, épépinez-les et coupez-les en petits cubes. Pelez et émincez les oignons et les gousses d'ail.
Faites rissoler les dés d'agneau 3 min avec 2 c. à soupe d'huile d'olive dans une sauteuse à feu moyen. Ajoutez les oignons et l'ail, salez et poivrez. Faites cuire 5 min, incorporez les dés de tomate et laissez mijoter 10 min en remuant régulièrement. Retirez du feu, ajoutez le persil, le piment et le jus de citron.
Sortez les aubergines du four, puis creusez-les à la petite cuillère sans abîmer leur peau. Hachez la pulpe et mélangez-la au contenu de la sauteuse. Répartissez la farce obtenue dans les aubergines, parsemez de gruyère et faites gratiner 10 min.